Las principales amenazas que el pingüino de Humboldt que afecta su sobrevivencia son de origen humano. La sobrepesca, la pesca incidental y la destrucción de hábitats, junto con la pérdida de huevos y pollos, producto de la depredación por parte de especies exóticas invasoras como ratas, gatos y perros, constituyen un escenario incierto para su conservación.
Por tal motivo, el Zoológico Nacional implementa con muy buenos resultados desde el 2009 un programa de cría ex situ mediante el desarrollo de protocolos de incubación, crianza artificial y natural de huevos de pingüinos de Humboldt, como una herramienta válida como medida de conservación.
Respecto a la labor de vincular a las comunidades locales en actividades que promuevan el cuidado de esta especie y su ambiente natural, este programa tiene un área dirigida a involucrar a las familias en la adopción de medidas de conservación para que puedan reconectarse con la naturaleza, desarrollar instancias de conservación basadas en la comunidad, proporcionar capacitación y habilidades para una vida sostenible. Por ende, el objetivo de esta parte del programa es establecer, junto a la comunidad local, acciones específicas para aportar a la conservación del pingüino de Humboldt y su entorno, a través de metodologías participativas y crear un vínculo entre los vecinos de localidades como Pichidangui y su entorno natural, para promover el cuidado y respeto hacia la naturaleza.
A la luz de los resultados, las proyecciones de este proyecto aseguran nacimientos de más individuos a través de la gestión colaborativa entre instituciones zoológicas. Esto permitirá contar con grupos de salvaguarda para la especie en caso de que los escenarios no cambien, además se incrementarán las posibilidades de que un grupo de estos pingüinos puedan formar parte de programas de suplementos poblacionales o reintroducción al medio natural bajo programas establecidos.
Este programa cuenta con la colaboración del Museo de Ciencias Marinas Shimonoseki de Japón, la ONG Penguin Conference Japan (PCJ), el WAZA Nature Connect Programme, y el Grupo Experimental Medio Ambiental (GEMA) de la localidad de Pichidangui.
